Maaperässä elävät pieneliöt, ennen kaikkea selkärangattomat ja sienet, muodostavat koko metsäekosysteemin perustan. Tämä eliöstö vastaa hajotusprosessista, jossa muun muassa kuolleet kasvinosat hajotetaan ja niihin sitoutunut typpi muuttuu eläville kasveille käyttökelpoiseen muotoon. Hajotusprosessi on monimutkainen tapahtumaketju. Siihen liittyy lukematon määrä erilaisia lajiryhmiä ja joka tunnetaan vielä puutteellisesti. Tutkimustulokset antavat viitteitä energiapuun korjuun aiheuttamista muutoksista. Kuitenkin nämä muutokset ovat olleet vaihtelevia ja niiden merkitystä maaperän toimintaan ei ole pidetty tuntuvina. Energiapuun korjuussa, perinteiseen ainespuun korjuuseen verrattuna, vähennetään maaperäeliöiden hajotettavaksi päätyvän biomassan määrää ja muutetaan sen koostumusta. Tutkimuksissa on havaittu kokopuunkorjuun seurauksena muutoksia maaperän eliölajiston runsaussuhteissa ja muun muassa punkkien ja hyppyhäntäisten yksilömäärissä. Eri lajiryhmien välillä on tosin eroja, ja useiden muiden lajiryhmien populaatioissa ei vastaavia muutoksia ole todettu. 
Mykorritsasienten on todettu päätehakkuun jälkeen pystyvän säilymään aktiivisina ja leviämiskykyisinä hakatun puuston kantojen varassa pari vuotta. Sen jälkeen ne alkavat muodostaa juuriyhteyksiä uuden puusukupolven taimien kanssa. Miten kantojen korjuu tähän mekanismiin vaikuttaa, sitä ei vielä tiedetä. Toistetulla latvusmassan korjuulla on todettu olevan sienijuurien määrää, toisin sanoen puiden ravinteiden ja veden saantia, alentava vaikutus. Toisaalta kantojen noston jälkeen on arveltu maassa olevan siitä huolimatta valtavasti elinvoimaisen sienirihmaston palasia. Kuitenkin laajan sienijuuriston kasvattamiseen kuluu puuntaimelta enemmän aikaa.
Kantojen nostossa maan pinta rikkoontuu joskus jopa 90-prosenttisesti. Maannoshorisontit sekoittuvat ja kuntta jää osittain irtomaan alle, jolloin monien humuskerroksessa elävien lajien elinympäristö muuttuu. Kuva: Martti Kuusinen
sivun alkuun