Energiapuun korjuun ilmastonmuutosta ehkäisevä vaikutus perustuu siihen, että puuenergialla korvataan fossiilisten polttoaineiden käyttöä. Suomessa energiapuuta pystytään korjaamaan tehokkaasti ilman merkittäviä välittömiä kasvihuonekaasujen päästöjä. Selvitysten mukaan metsähakkeen korjuussa koko ketjun kuluttama energiamäärä on vain 2-3 prosenttia tuotetun raaka-aineen energiasisällöstä. On tosin olemassa mittaustuloksia hakkeen terminaalivarastoinnissa vapautuvista metaanipäästöistä, jotka vaikuttavat merkittävästi koko korjuun hiilitasetarkasteluihin.
Korjuussa poistetaan metsistä suuria määriä oksiin, latvuksiin ja kantoihin sitoutunutta hiiltä, joka muutoin jäisi metsiin maatumaan. Tutkimusten mukaan hakkuutähteiden maatuminen uudistusaloilla etenee siten, että 3 vuoden kuluttua hakkuusta 70 prosenttia biomassasta on hajoamatta, 10 vuoden kuluttua 25 ja 100 vuoden kuluttua yleisesti ottaen enää alle 5 prosenttia. Kantojen hiilestä voi vielä 100 vuoden kuluttua olla jäljellä jopa 20-30 prosenttia. Satojen vuosien tarkastelujaksolla puuston biomassasta vain 1-2 prosenttia on arvioitu jäävän maaperän hiilivarastoon. Energiapuun käytön myötä metsien maaperän hiilivaraston kasvu siis hidastuu.
Niin sanotut epäsuorat hiilipäästöt syntyvät, kun hakkuutähteet poltetaan korjuun jälkeen. Metsään jätettynä hakkuutähteet vapauttaisivat hiiltä ilmakehään vähitellen ja säilyttäisivät osan hiilestä maaperän hiilivarastossa. Epäsuorat päästöt ovat kertaluokkaa suuremmat kuin metsäenergian polttoaineketjun välittömät päästöt, jotka johtuvat mm. korjuusta ja kuljetuksesta. Tuotettua energian kokonaismäärää kohti lasketut epäsuorat päästöt kuitenkin vähenevät selvästi ajan myötä, sillä myös metsään jätettyinä hakkuutähteet lahoavat ja aiheuttavat päästöjä. Suomen Ympäristökeskuksen tutkimuksen mukaan oksien polton päästöt alittavat maakaasun päästöt jo muutamassa vuodessa ja 20 vuoden kuluttua oksien päästöt ovat 60 prosenttia pienemmät kuin kivihiilen. Kantojen korjuuta on harjoitettava 20 vuoden ajan, ennen kuin tuotettua energiamäärää kohti lasketut hiilidioksidipäästöt laskevat öljyn ja maakaasun päästöjen alle. (Lähde: Repo, Anna et al. SYKE, HY. Global Change Biology Bioenergy -julkaisusarja 2010.)
Pitkällä aikavälillä myös kantoenergia on ilmastovaikutuksiltaan merkittävästi parempi kuin kivihiili, maakaasu tai öljy. Lisätietoja energiapuun käytöstä osana ilmastonmuutoksen hillintää löytyy Tapion Hyvän metsänhoidon suosituksista, energiapuun korjuu ja kasvatus -oppaasta 2010.
Metsien toimintaa hiilen sitomisessa voi seurata hiilipuu.fi-sivustolla tai Suomen ympäristökeskuksen sivuilla.
Metsien hiilensidontakyvyn kannalta energiapuunkorjuun merkittävin vaikutus on mahdollinen puuston kasvun taantuminen muutamalla prosenttiyksiköllä. Tätäkin tulee tarkastella suhteessa korjuun puuntuotantoa edistäviin vaikutuksiin. Energiapuun korjuulla parannetaan talousmetsien metsänhoidollista tilaa, mikä parantaa pitkällä ajalla puutuotteiden laatua ja kilpailukykyä.

Hakkuutähteen korjuun vaikutus orgaanisen aineksen määrään päätehakkuun jälkeen. Korjuu vähentää kasvupaikalle jäävän orgaanisen aineksen määrää puolella, mutta hakkuutähteen hiilestä jää maaperään joka tapauksessa vain 1-3 prosenttia. Lähde: Palosuo T. et al, EFI Proceedings No. 39, 2001