Juurikääpä on metsiemme sienitaudeista taloudellisesti ylivoimaisesti merkittävin. Juurikäävän leviäminen puusta ja metsiköstä toiseen perustuu itiöitä tuottaviin itiöemiin sekä juuriyhteyksiin puiden välillä. Itiöntuotantoa rajoitetaan parhaiten, kun tartunnan saanut puubiomassa korjataan pois metsistä. Itiöemiä muodostuu erityisesti maahan jääneiden lahotyveysten pinnoille sekä kantojen ja juurien pinnoille. Englantilaisten tutkimusten mukaan männynjuurikäävän lahottamien kantojen nosto vähentää seuraavan puusukupolven riskiä saada sienitartunta useilla kymmenillä prosenteilla. Kuusenjuurikäävän osalta ei välttämättä päästä yhtä hyvään tulokseen.
Juurikäävän torjuntaa ajatellen avainkysymys on, kuinka tarkkaan saastunut kanto- ja juuribiomassa saadaan korjattu kasvupaikalta pois. Korjatut kantopalat ja lahotyveykset on myös syytä kuljettaa pois metsästä ennen kuin niihin ehtii muodostua itiöemiä, eli viimeistään kahden vuoden kuluttua korjuusta.
Itiöntuotannon ohella juurikääpäongelman toinen päänäkökohta ovat itiöiden tartuntapinnat, joita ovat sulan maan aikaan syntyvät puuston vauriot ja kantopinnat. Vaikka puuston korjuuvauriot pyritään aina minimoimaan kasvatushakkuissa, niitä syntyy 0-5 prosenttiin kasvamaan jätettävistä puista.
Viime aikoina on todettu, että erityisen paljon korjuuvaurioita syntyy kokopuun korjuukohteissa. Tämä johtuu yksinkertaisesti siitä, että kokopuun korjuukohteiksi on valittu ylitiheitä hoitamattomia nuoria metsiä. Tällaiset kohteet ovat huolellista puunkorjuuta ajatellen hyvin haastavia varsinkin, jos kohteissa ei tehdä ennakkoraivausta.
Kivennäismailla kokopuunkorjuun ongelmana on lisäksi, ettei oksa- ja latvusmassaa voida käyttää ajourilla maaperän ja juurien suojaamiseen samassa mitassa kuin ainespuuhakkuissa. Juurikääpää torjutaan kokopuunkorjuussa tehokkaimmin välttämällä korjuuvaurioita ja käsittelemällä kannot torjunta-aineella suositusten mukaisesti sulan maan aikaisissa hakkuissa.
Tuhohyönteisistä energiapuun korjuu vaikuttaa esimerkiksi tukkimiehentäin ja ytimennävertäjien elinoloihin. Uudistusalojen energiapuunkorjuussa poistetaan kantoja ja oksia, jotka houkuttelevat tukkimiehentäitä uudistusalalle ja toimivat toukkien elinympäristönä. Toisaalta latvusmassaa ja kantopaloja varastoidaan uudistusalan lähellä tavallisesti 1-2 vuotta, mikä saattaa kompensoida korjuun tuhoja ehkäisevää vaikutusta.
Ytimennävertäjät pystyvät hyödyntämään runkohavupuuta sisältäviä kokopuu- ja latvusmassavarastoja toukkien elinympäristönä. Siksi välivarastojen ja terminaalien lähimetsissä voi ilmetä ytimennävertäjätuhoja ellei torjunnasta huolehdita. Energiapuun tienvarsivarastoinnissa on siksi syytä noudattaa samoja pelisääntöjä kuin ainespuun välivarastoinnissakin: Välivarastot joko kuljetetaan metsistä riittävän ajoissa pois tai ne esimerkiksi peitetään.