Kantojen ja latvusmassan merkitys ravinteiden huuhtoutumisessa on kaksinainen. Toisaalta oksissa on runsaasti ravinteita, joista esimerkiksi kalium huuhtoutuu nopeasti sadeveden mukana. Myös vesistöjen rehevöitymisen kannalta merkittävintä ravinnetta, fosforia, huuhtoutuu biomassasta suhteellisen runsaasti jo ensimmäisten vuosien aikana hakkuun jälkeen.
Uudistushakkuun jälkeen hakkuualalla ei ole kasvillisuutta, joka sitoisi tehokkaasti huuhtoutuvia ravinteita. Toisaalta oksissa ja kannoissa käynnistyvän mikrobitoiminnan on todettu sitovan typpeä niin paljon, että hakkuutähteet voivat alkuun toimia typen nieluna. Näin ollen hakkuutähteitä voidaan ajatella typen puskurivarastona, joka vapauttaa sitoutuneen typen sopivasti uuden puusukupolven käyttöön.
Latvusmassan korjuun on myös todettu lisäävän hieman humuskerroksen happamuutta, mikä vaikuttaa hidastavasti ravinteiden mineralisaatioon, mutta toisaalta nopeuttaa raskasmetallien kuten elohopean liukenemista. Yhden korjuukerran maaperää happamoittava vaikutus on arvioitu suhteellisen vähäiseksi (0-0,4 pH-yksikköä).
Kantojen nosto on vesiensuojelun kannalta haasteellinen työlaji, koska siinä maan pinta rikkoontuu 65-90-prosenttisesti. Haastetta lisää, että kantojen korjuu keskittyy viljaville kuusen kasvupaikoille. Kuntan rikkoontuminen ja kivennäismaan paljastuminen on suurinta juuri rehevillä ja kosteilla mailla.
Kivennäis- ja turvemaan paljastuminen pahentaa ravinteiden ja maa-aineksen huuhtoutumisen riskiä pintavesiin ja pohjaveteen. Pohjavesien kannalta riskinä on myös, että maan kerroksellinen rakenne rikkoontuu ja luontainen vesien suodattuminen maan pintakerrosten läpi häiriintyy.